Η δημόσια διαβούλευση αποτελεί σημαντική πηγή πληροφοριών για την πρωτοβουλία της Επιτροπής και επιδιώκει να λάβει τις απόψεις των πολιτών και των ενδιαφερομένων μερών σχετικά με τη λειτουργία της ισχύουσας νομοθεσίας για τους ΓΤΟ, όσον αφορά τα φυτά που παράγονται με στοχευμένη μεταλλαξιογένεση και cisgenesis (και τα τρόφιμα και τις ζωοτροφές που προέρχονται από αυτά), καθώς και σχετικά με τις πιθανές επιλογές για ένα πιθανό νέο νομικό πλαίσιο.